文學院（范曾藝術館、楚辭研究中心、張謇研究所掛靠）

理學院

馬克思主義學院（南通廉政研究中心、江蘇省中國特色社會主義理論體系研究中心南通大學基地掛靠）

經濟與管理學院（與江蘇沿海沿江發展研究院合署）

教育科學學院（與教師教育學院合署）

外國語學院

化學化工學院

生命科學學院（海洋學院）

機械工程學院

信息科學技術學院（通科微電子學院、阿里云大數據學院、計算機科學與技術學院）（專用集成電路設計重點實驗室掛靠）

電氣工程學院

紡織服裝學院

醫學院（護理學院）（臨床技能訓練中心掛靠）

公共衛生學院

體育科學學院

藝術學院（建筑學院）

地理科學學院

交通與土木工程學院（交通學院）（交通運輸工程研究院掛靠）

藥學院

國際教育學院

張謇學院

神經再生重點實驗室（與神經科學系、神經再生協同創新中心合署）

特種醫學研究院（與航海醫學系、航海醫學研究所、疼痛醫學研究院合署）

智能信息技術研究中心

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